O Instituto Socioambiental (ISA) herdou do Centro Ecumênico de Documentação e Informação (CEDI) um grande cadastro de organizações indígenas e que posteriormente passou por diversas etapas de atualização.
Hoje, a pesquisa se dá principalmente por meio do vínculo das organizações com projetos específicos – seja como proponentes, executoras ou parceiras. Esse tipo de mapeamento não exclui a busca ativa de novas organizações; feita pela internet, por telefone ou ainda por correspondência. A colaboração de pessoas que trabalham diretamente com os povos também é de fundamental importância.
O sistema de informação conta com mais de 900 organizações cadastradas, mas hoje não é possível precisar o número exato daquelas que se encontram em funcionamento, pois há grande dificuldade para encontrar informações atualizadas sobre sua situação.
A criação das organizações indígenas está profundamente ligada à demanda de projetos; sua continuidade, à capacidade de articulação dessas organizações ao lidar com as demandas do universo burocrático e institucional no âmbito nacional e internacional. A mudança de nome dessas instituições é outro problema frequente, e que ocorre por diferentes motivos: mudança de diretoria, mudanças no Estatuto, aliança ou cisão entre grupos etc.
Problemas como esses fizeram com que se optasse por apresentar as organizações em forma de lista, e sem a especificação de sua atividade ou inatividade.